Characterizing microfluidic approaches for a fast and efficient reagent exchange in single-molecule studies
Nueva publicación dentro del consorcio NanoBioCancer a cargo del grupo FMH-CNB dirigido por Fernando Moreno Herrero.
Continue ReadingStructural basis of Focal Adhesion Kinase activationon lipid membranes
Nueva publicación del grupo de Óscar Llorca (OLl-CNIO).
Continue ReadingEnhorabuena al grupo OLl-CNIO
El proyecto de investigación presentado por Manuel Palacín (IRB, Barcelona) en colaboración con el grupo de Oscar Llorca ha sido seleccionado por la Fundación La Caixa en su convocatoria de Investigación en Salud 2020
Continue ReadingBulk and single-molecule analysis of a bacterial DNA2-like helicase–nuclease reveals a single-stranded DNA looping motor
Nueva publicación del grupo de Fernando Moreno Herrero donde emplean las pinzas magnéticas para estudiar el mecanismo mediante el que la helicasa-nucleasa Bad desenrolla la doble hélice de ADN.
Continue ReadingRPAP3 C-Terminal Domain: A Conserved Domain for the Assembly of R2TP Co-Chaperone Complexes
Pese a la situación actual, la producción científica no se ha visto alterada. Nos alegra informaros de una nueva publicación del grupo de Oscar Llorca.
Continue ReadingUnderstanding the paradoxical mechanical response of in-phase A-tracts at different force regimes
Nueva publicación del grupo del coordinador del programa NanoBioCancer, Fernando Moreno Herrero.
Continue ReadingHackathon virtual para buscar respuestas al COVID19
Con el objetivo de buscar respuestas y posibles soluciones a los distintos problemas y retos sanitarios, sociales y económicos planteados por el COVID-19, la Consejería de Ciencia, Universidades e Innovación de la Comunidad de Madrid impulsa la celebración de un encuentro online los próximos 4 y 5 de abril entre investigadores, universitarios, profesionales innovadores y sociedad civil en general.
Continue ReadingModeling of a 14 kDa RUVBL2-Binding Domain with Medium Resolution Cryo-EM Density
Nueva publicación dentro del consorcio NanoBioCancer-CM por parte del grupo de Oscar Llorca.
Continue Reading3ª Reunión científica en el CNIO
El pasado 4 de marzo se celebró en el departamento de Biología Estructural del CNIO una nueva reunión científica, a la que asistieron todos los miembros con cargo al proyecto y se hizo un resumen del progreso en las actividades científicas llevadas a cabo en las últimas semanas.
Double-stranded RNA bending by AU-tract sequences
Alberto Marin-Gonzalez, Clara Aicart-Ramos, Mikel Marin-Baquero, Alejandro Martín-González, Maarit Suomalainen, Abhilash Kannan, J. G. Vilhena, Urs F. Greber, Fernando Moreno-Herrero and Rubén Pérez.
Abstract: Sequence-dependent structural deformations of the DNA double helix (dsDNA) have been extensively studied, where adenine tracts (A-tracts) provide a striking example for global bending in the molecule. In
contrast to dsDNA, much less is known about how the nucleotide sequence affects bending deformations of double-stranded RNA (dsRNA). Using all-atom microsecond long molecular dynamics simulations we found a sequence motif consisting of alternating adenines and uracils, or AU-tracts, that bend the dsRNA helix by locally compressing the major groove. We experimentally tested this prediction using atomic force microscopy (AFM) imaging of long dsRNA molecules containing phased AU-tracts. AFM images revealed a clear intrinsic bend in these AU-tracts molecules, as quantified by a significantly lower persistence length compared to dsRNA molecules of arbitrary sequence. The bent structure of AU-tracts here described might play a role in sequence-specific recognition of dsRNAs by dsRNA-interacting proteins or impact the folding of RNA into intricate tertiary and quaternary structures.
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